W 1213 r. książę wielkopolski Władysław Odonic ufundował w Ołoboku klasztor, do którego sprowadził z Trzebnicy na Dolnym Śląsku cysterki. Początkowo zarówno kościół jak i zabudowania klasztorne wykonane były z drewna. Murowany kościół i przylegający doń czteroskrzydłowy klasztor z wirydarzem powstały na przełomie XV i XVI w. Zniszczył je pożar w 1. poł. XVII stulecia. Budynki odbudowano dopiero w latach 1695-96, wtedy też od strony południowej dostawiono ośmioboczną kruchtę i kaplicę. Niecałe sto lat później, w latach 1780-88, przebudowano fasadę świątyni i wzniesiono wieżę. W 1837 r. władze pruskie zlikwidowały konwent. Do 1888 r. prawie całkowicie rozebrano zabudowania klasztorne. W latach 1922-24 przeprowadzono gruntowny remont kościoła, który do dziś pełni funkcję świątyni parafialnej.
Świątynia św. Jana Chrzciciela w Ołoboku należy do najstarszych, drewnianych kościołów ziemi wielkopolskiej, jednakże pierwszy kościół parafialny miał wznosić się w tym miejscu już w XIII w. Kasata konwentu cysterskiego w Ołoboku oraz przeniesienie parafii do świątyni pocysterskiej przyczyniły się do tego, iż mały drewniany kościół spełniający od wieków funkcję kościoła parafialnego, stał się kościołem filialnym, w którym od czasu do czasu sprawowano nabożeństwa i msze św. za zmarłych.
Najwcześniejsza wzmianka o drewnianej świątyni ołobockiej pochodzi z 1521 r., kiedy to ks. abp Jan Łaski, wizytując parafię ołobocką, nazwał ją kościołem parafialnym, podając przy tym, że fundatorem kościoła był konwent sióstr cysterek z Ołoboku. Zatem kościół pochodzi prawdopodobnie z 1. ćwierćwiecza XVI w. Potwierdza to, przeprowadzona w latach dwudziestych XX w., analiza architektoniczna i stylowa kościoła.
W 1532 r. kościół utracił prawa parafii i stał się filią parafii w Rososzycy. Jedne źródła podają, że ponowne odzyskanie praw parafialnych nastąpiło w 1723 r., a inne, że dopiero w 1744 r. Prawdopodobnie w 1744 roku siostry cysterki przeprowadziły remont świątyni.
W 1832 r. dokonano szczegółowego opisu kościoła, z którego dowiadujemy się, że prawie cały kościół był zbudowany z drzewa modrzewiowego. W kościele znajdują się trzy drewniane ołtarze. Ołtarz główny późnorenesansowy, szafiasty z dwoma skrzydłami – tryptyk z chrztem Pana Jezusa, sygnowany u dołu datą 1600. Autorem prawdopodobnie jest wrocławski artysta Adam Scholz. Na bocznych jego skrzydłach są postacie: św. Jana Ewangelisty i św. Michała Archanioła. Na odwrocie umieszczono osiem scen Męki Pańskiej. W zwieńczeniu znajduje się czternastu Świętych Wspomożycieli, a w predelli – scena Ostatniej Wieczerzy. W nawie od strony północnej znajduje się barokowy ołtarz z obrazem Matki Bożej Częstochowskiej, a po stronie południowej jest ołtarz z ludowym obrazem św. Walentego. Ewenementem w kościele cmentarnym były dwie ambony. Jedna z nich umiejscowiona jest w prezbiterium oraz częściowo w nawie. Druga ambona składa się tylko z korpusu, początkowo znajdowała się w świątyni, ale później została umieszczona przed kościołem, służąc jako miejsce kazań, wygłaszanych na cmentarzu z okazji corocznego odpustu św. Jana Chrzciciela i Dnia Zadusznego (bądź – jak się też podaje – uroczystości Wszystkich Świętych).